イネ縞葉枯ウイルスに感染したイネからウイルスを取り除くことはできない。そのため、イネ縞葉枯病による被害を軽減するためには、媒介虫であるヒメトビウンカを防除してイネがウイルス感染するのを未然に防ぐことが重要である。イネ縞葉枯病の発生が長く続いている地域やヒメトビウンカの保毒虫率が高い地域では、薬剤を使用した化学的防除が推奨される。
薬剤防除が必要な時期は、イネの移植から幼穂形成期までの間である。その間に水田に侵入する成虫とその後水田内で発生する幼虫を薬剤を用いて防除する。
薬剤を使用する時期としてもっとも適切なのは、苗箱への播種時または苗の移植時であり、必要に応じて本田内での薬剤散布を追加すると良い。イネのウイルスに対する感受性がほぼ失われる幼穂形成期までの間を継ぎ目なくしっかりとカバーすることが重要である。