ヒメトビウンカの防除が必要なのはイネの幼穂形成期までであるが、播種時または移植時に残効性の短い薬剤を使用した水田では、イネの幼穂形成期までの間に薬剤の効果が失われてしまうことがある。このようなケースでは、水田内で発生する幼虫(水田侵入世代の次世代幼虫)によるウイルス感染が水田内で広がる可能性があるので、必要に応じて本田内での薬剤散布を追加する。幼虫が孵化する時期にあわせて散布すると効果が高い。
ヒメトビウンカの防除に適した殺虫剤の種類や使用時期は地域によって異なるので、薬剤防除を計画する際はそれぞれの地域の病害虫防除所等が発信する情報を参考にする。