水田へのヒメトビウンカ成虫の飛来時期は、多くの地域でイネの生育初期に当たるため、水田に飛来する成虫によるウイルス感染は特に被害が大きくなる。そのため、イネ縞葉枯病の被害が大きい地域では、播種時または移植時に苗箱に薬剤を施用して、その後水田内に飛来するヒメトビウンカの成虫を防除する。
生育初期に媒介虫防除を行うと、発病株および発病穂の割合を低く抑えることができ、薬剤防除を実施しない場合と比較して大幅に減収を抑えることができる。ヒメトビウンカの飛来時期を予測してピンポイントで本田散布する方法もあるが、水田へのヒメトビウンカの飛来時期は1〜2週間の幅があるため、効果が継ぎ目なく持続する育苗箱施用のほうが防除に失敗するリスクが少ない。
ヒメトビウンカの防除に適した殺虫剤の種類や使用時期は地域によって異なるので、薬剤防除を計画する際はそれぞれの地域の病害虫防除所等が発信する情報を参考にする。