イネ縞葉枯病の原因は、イネ縞葉枯ウイルスというひも状のRNAウイルスである。英語では、Rice stripe virusと呼ばれ、RSVと略される。

イネ縞葉枯病は主にヒメトビウンカにより媒介される。ウイルスを体内に持ったヒメトビウンカ(保毒虫)が、イネを吸汁する際にウイルスを媒介する。管理作業(接触)、土壌、種子では媒介されない。

イネ縞葉枯ウイルスを持ったヒメトビウンカ(保毒虫)が産卵した卵にウイルスが移行するため、保毒虫の子供の約90%は保毒虫となる(経卵伝搬)。ウイルスを持っていないヒメトビウンカ(無保毒虫)もイネ縞葉枯ウイルスに感染したイネを吸汁することで、保毒虫になる。

日本国内のイネ縞葉枯病多発地域における典型的なヒメトビウンカの生活環は以下のとおりである¹⁾。

第1世代　幼虫の時期はムギ類で生息し、成虫になるとイネ移植後の水田に移動する。第1世代成虫の発生がイネの移植より早く起こる地域では、第1世代成虫は雑草地等に移動・産卵し、1世代遅れて水田に侵入する。第1世代成虫が飼料用トウモロコシに移動・産卵し、1世代遅れて水田に侵入する例²⁾もある。

第2～4世代　水田内で発生する。イネの登熟が進み餌として利用しにくくなると、水田から飛び出し周辺の雑草地等に移動する。雑草地に移動する世代（越冬前世代）は地域や作型によって異なるが、第4世代か第5世代になることが多い。

越冬世代　イネ科雑草において幼虫で越冬する。春先に羽化した越冬世代成虫がムギ類に移動して産卵する。

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