イネ縞葉枯病抵抗性品種では、薬剤散布による媒介虫防除を実施しなくてもイネ縞葉枯病の被害はほとんど発生しない。そのため、本病の常発地域では非常に有効な防除対策である。本病に対する薬剤を削減できる利点を活かして減農薬化にも取り組みやすい。地域における発病株数が減少することから、保毒虫率の低下が進み、本病のより早い鎮静化にもつながる。

一方で、抵抗性品種の栽培にともないヒメトビウンカの防除を止めてしまうと、ヒメトビウンカが多発して周辺の感受性品種における被害が拡大するリスクがある。また、ヒメトビウンカが媒介するイネ黒すじ萎縮病の発生が見られるようになったケースもある。このような理由から、抵抗性品種を栽培する水田においてもヒメトビウンカの薬剤防除を地域ぐるみで実施するケースも少なくない。

抵抗性品種利用時に薬剤の併用が必要かどうかについては、被害の発生状況、保毒虫率、作型などから総合的に判断する必要があるが、例えば、イネ縞葉枯病による被害が大きく保毒虫率が高止まりしている地域では薬剤を併用したほうが良いと考えられる。一方、イネ縞葉枯病による被害が小さい地域や抵抗性品種の導入から年数が経過し保毒虫率が低く抑制されている地域などでは、薬剤の併用は必ずしも必要ではない。