兵庫県の稲・麦二毛作地域においては、収穫時期の遅い小麦(晩生:「ゆめちから」など)と移植時期の早い水稲(早生:「キヌヒカリ」など)の栽培時期が重なっており、越冬後のヒメトビウンカが小麦で十分増殖した後に稲へ移動できる好適な環境が整っている。このため、ヒメトビウンカとイネ縞葉枯病の多発生が助長されている。
稲・麦二毛作地域、特にイネ縞葉枯病の多発生地域における防除は、耕種的防除と化学的防除の両面から行う。耕種的防除では、冬期の早期耕起および畦畔除草を実施し、ヒメトビウンカ越冬世代密度を抑制する。また、化学的防除では、苗箱施用殺虫剤の播種時処理によって、移植直後の飛来虫による初期感染を抑制し、感染拡大を予防する。また、本田防除等の臨機的対策によってヒメトビウンカの多発生を予防し、イネ縞葉枯病の鎮静化をはかる。