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manual [2024/03/28 (Thu) 14:28]
kanegaeh976 [2.2 形質・遺伝子情報で色付け・解除]
manual [2024/12/20 (Fri) 17:07] (現在)
mukaiy [標準作業手順書(SOP)]
行 5: 行 5:
 ====== Pedigree Finderの使い方 ====== ====== Pedigree Finderの使い方 ======
  
-説明動画を作成いたしました。[[https://youtu.be/Dfau1eZL4lQ|こちら]]からご利用ください。+==== 説明動画 ==== 
 +説明動画を作成いたしました。[[https://youtu.be/Dfau1eZL4lQ|こちら]]からご利用ください。\\
  
-===== ユーザー登録手続きについて =====+==== 標準作業手順書(SOP)==== 
 +[[https://sop.naro.go.jp/document/detail/113|作物の系譜情報を利活用するためのデータベース(Pedigree Finder)標準作業手順書(サンプル版)]] 
 + 
 +==== 論文 ==== 
 +鐘ケ江弘美・松下景・林武司・川島秀一・後藤明俊・竹﨑あかね ・矢野昌裕・菊井玄一郎・米丸淳一 (2022)\\  
 +系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」. 育種学研究, 24:115-123 
 +[[https://doi.org/10.1270/jsbbr.22J02]] 
 + 
 +==== 参考・関連資料 ==== 
 +プレスリリース[[https://www.naro.go.jp/publicity_report/press/laboratory/rcait/156531.html|ウェブで使える作物家系図の作成ツール「Pedigree Finder」の開発]] 
 + 
 +===== Web版 ユーザー登録手続きについて =====
 Pedigree Finder では**ユーザー登録不要な「ゲストユーザー」**として,__利用規約に同意の上__,イネやイチゴ,アズキなどの一部のデータを試すことができます。  \\ Pedigree Finder では**ユーザー登録不要な「ゲストユーザー」**として,__利用規約に同意の上__,イネやイチゴ,アズキなどの一部のデータを試すことができます。  \\
 しかし、「ゲストユーザー」として利用できる作物の種類やデータ量は限られており、さらに多くのデータや作物にアクセスするためにはユーザー登録が必要となります。  \\ しかし、「ゲストユーザー」として利用できる作物の種類やデータ量は限られており、さらに多くのデータや作物にアクセスするためにはユーザー登録が必要となります。  \\
 Pedigree Finderのユーザー登録には、利用を申請して許可される必要があります。  \\ Pedigree Finderのユーザー登録には、利用を申請して許可される必要があります。  \\
 [[https://prd.form.naro.go.jp/form/pub/naro01/pedigree|Pedigree Finder 新規利用申請・所属変更申請]]から登録手続きを行ってください。 [[https://prd.form.naro.go.jp/form/pub/naro01/pedigree|Pedigree Finder 新規利用申請・所属変更申請]]から登録手続きを行ってください。
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 +===== 配布版のご利用について =====
 +公設試や民間企業でクローズドデータをデータベースに格納し、Pedigree Finderを自社で管理・運用できるように、**育種データベースをコンテナ化(アプリケーションの実行環境をパッケージ化**)した配布版を開発いたしました。
 +Pedigree Finderの配布版は[[https://www.naro.go.jp/inquiry/program.html|「職務作成プログラム利用に関するお問い合わせ」]]のページから利用申請が可能です。\\
 +配布版はWindows/Mac/Linuxでも利用可能であり、Web版と同じ機能を整備しています。1)手元のパソコン上で動かす、2)サーバー上で動かすという2通りの使い方が出来ます。\\
 +* **配布版をパソコン上で動かす**\\
 +導入コストは低いですが、それぞれのパソコンに個別にデータをアップロードする必要があるため、最新情報の共有が難しいという問題があります。\\ 
 +* **配布版をサーバ上で動かす**\\ 
 +サーバ構築やネットワークの設定費用が必要になりますが、最新情報を共有可能というメリットがあります。\\ 
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 選択したデータセットと特性項目の組み合わせを取り消したい場合は、選択済みの組み合わせが表示されている一覧の削除アイコン(⑦)をクリックします。\\ 選択したデータセットと特性項目の組み合わせを取り消したい場合は、選択済みの組み合わせが表示されている一覧の削除アイコン(⑦)をクリックします。\\
 「形質・遺伝子情報で色付け」ボタン(⑧)を押すと、選択した形質で系譜図が色付けされます。\\ 「形質・遺伝子情報で色付け」ボタン(⑧)を押すと、選択した形質で系譜図が色付けされます。\\
-{{:データセットと特性項目選択20240328.png?500|}}+ 
 +{{:形質選択20240328.png?300|}} 
 + 
 +データセットと特性項目の組み合わせを3つ選択した状態の例:\\ 
 +{{:データセットと特性項目選択20240328.png?400|}} 
 + 
 +3. 選択した形質が1種類の場合は凡例の位置、系統の外観ともに以下のように従来のスタイルで表示されます。\\ 
 +{{:モミロマン1形質20240328.png?600|}} 
 + 
 +4. 選択した形質が2〜4種類の場合は今回追加した複数表示版のスタイルで表示されます。\\ 
 +{{:モミロマン3形質20240328.png?800|}}
 ==== 2.3  系譜情報取得API ==== ==== 2.3  系譜情報取得API ====
 URLから作物と品種を指定することで、系譜情報を取得することができます。Pedigree Finderに登録されており、且つ自身に閲覧権限がある作物のみ取得可能です。\\ URLから作物と品種を指定することで、系譜情報を取得することができます。Pedigree Finderに登録されており、且つ自身に閲覧権限がある作物のみ取得可能です。\\
manual.1711603712.txt.gz · 最終更新: 2024/03/28 (Thu) 14:28 by kanegaeh976