説明動画を作成いたしました。こちらからご利用ください。

作物の系譜情報を利活用するためのデータベース(Pedigree Finder)標準作業手順書(サンプル版)

鐘ケ江弘美・松下景・林武司・川島秀一・後藤明俊・竹﨑あかね ・矢野昌裕・菊井玄一郎・米丸淳一 (2022)
系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」. 育種学研究, 24:115-123 https://doi.org/10.1270/jsbbr.22J02

プレスリリースウェブで使える作物家系図の作成ツール「Pedigree Finder」の開発

Pedigree Finder ではユーザー登録不要な「ゲストユーザー」として，利用規約に同意の上，イネやイチゴ，アズキなどの一部のデータを試すことができます。　　
しかし、「ゲストユーザー」として利用できる作物の種類やデータ量は限られており、さらに多くのデータや作物にアクセスするためにはユーザー登録が必要となります。　　
Pedigree Finderのユーザー登録には、利用を申請して許可される必要があります。　　
Pedigree Finder 新規利用申請・所属変更申請から登録手続きを行ってください。

公設試や民間企業でクローズドデータをデータベースに格納し、Pedigree Finderを自社で管理・運用できるように、育種データベースをコンテナ化（アプリケーションの実行環境をパッケージ化）した配布版を開発いたしました。 Pedigree Finderの配布版は「職務作成プログラム利用に関するお問い合わせ」のページから利用申請が可能です。
配布版はWindows/Mac/Linuxでも利用可能であり、Web版と同じ機能を整備しています。1)手元のパソコン上で動かす、2)サーバー上で動かすという2通りの使い方が出来ます。
* 配布版をパソコン上で動かす
導入コストは低いですが、それぞれのパソコンに個別にデータをアップロードする必要があるため、最新情報の共有が難しいという問題があります。
* 配布版をサーバ上で動かす
サーバ構築やネットワークの設定費用が必要になりますが、最新情報を共有可能というメリットがあります。

ユーザー認証に成功すると系譜情報画面が表示されます。
「XXXさんでログイン中」と、登録されている名前が表示されます。
制限公開データにアクセスできない場合は、「XXXさんでログイン中」と、登録されている名前が表示されることをご確認ください。「ゲストユーザーで利用中」と表示されている場合は、制限公開データをご利用いただけません。

作物の系譜情報を確認することができます。まず系譜情報画面に遷移します。メニューバーの「系譜情報」を押下します。

1. 系譜情報画面にて任意の系譜図を表示後、画面中部の「形質・遺伝子情報で色付け」ボタンの上部にあるプラスアイコンをクリックします。

2. データセット（②）と特性項目（③）の組み合わせを選択するダイアログが開くので、任意の組み合わせを選択して、追加ボタン（④）をクリックします。
追加ボタンをクリックすると系譜情報画面のデータセット、特性項目の一覧に追加されます。（⑥）
最大4つまで追加できます。（5つ以上の追加、同じ組み合わせの複数回追加はできません）
追加が終わったら、「閉じる」ボタン（⑤）でダイアログを閉じます。
選択したデータセットと特性項目の組み合わせを取り消したい場合は、選択済みの組み合わせが表示されている一覧の削除アイコン（⑦）をクリックします。
「形質・遺伝子情報で色付け」ボタン（⑧）を押すと、選択した形質で系譜図が色付けされます。

データセットと特性項目の組み合わせを3つ選択した状態の例：

3. 選択した形質が1種類の場合は凡例の位置、系統の外観ともに以下のように従来のスタイルで表示されます。

4. 選択した形質が2〜4種類の場合は今回追加した複数表示版のスタイルで表示されます。

URLから作物と品種を指定することで、系譜情報を取得することができます。Pedigree Finderに登録されており、且つ自身に閲覧権限がある作物のみ取得可能です。
1.　ログインしている状態で、以下のようにブラウザのアドレスバーに作物IDと系統IDを含むURLを入力し、アクセスします。
https://pedigree.db.naro.go.jp/pedigree/[作物ID]/[系統ID]

2.図のように表示されます。

• さちのかの系譜情報を取得するのに使用したURLは以下の通りです。
  

　　　https://pedigree.db.naro.go.jp/pedigree/STRAWBERRY/FT00000006

• 作物は大文字でSTRAWBERRYでも、大文字と小文字が混在するStrawberryでも問題ありません。
• 作物の種類は適宜追加されますので、管理者にお問い合わせください。
• 品種は大文字小文字の違いも含めて正確に入力してください

表示している系統と同じ交配組み合わせの系統を確認することができます。
1. 操作マニュアルの「2.1 系譜情報検索」を参考に、系譜情報表示を行います。
2. 表示が終了したら系譜図の下に表示されている「各種リンク」の「クリックした系統と同じ父母から生まれた系統一覧の表示」あるいは「クリックした系統と同じ両親だが逆交配で生まれた系統一覧の表示」を押下します。

表示している品種のメタデータを確認することができます。
1. 操作マニュアルの「2.1 系譜情報検索」を参考に、系譜情報表示を行います。
2. 表示が終了したら系譜図の下に表示されている「各種リンク」の「系統メタデータ」を押下します。

Pedigree Finderにダッシュボード機能を整備しており、系譜情報を「形質・遺伝子情報」で色付けするだけでなく、同じ情報を利用し、ヒストグラムおよび円グラフで表示できます。

1. データセットおよび特性項目を選択する
2. 「形質・遺伝子情報」で色付け
3. 「作物全体」「表示中の系統のみ」「作物全体と表示中系統の両方」のいずれかを選択
4. 表示させるグラフを選択
5. 「形質情報グラフ表示」をクリック

という手順で、グラフを表示できます。
例えば、「あきたこまち」の系譜情報を表示させ、「コシヒカリとの近縁係数」の特性項目を選択した場合は、以下のように表示できます。

作物全体と、表示中の系統を比較し、家系の特徴を調査する際に役立ちます。
将来的には、2形質を同時にプロットできるようにしたいと考えています。

系譜情報を追加・修正するためには、参考となる情報とともに、お問い合わせフォームにてご連絡ください
参考となる情報を確認の上、系譜情報追加の可否を検討させていただきます

Pedigree Finderではデータベース化されていない系譜情報をアップロードして表示させる機能はありません。
非公開の系譜情報を追加する場合、お問い合わせフォームにてご連絡ください。