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manual [2022/12/01 (Thu) 19:38]
kanegaeh976 [2.1 系譜情報検索] 		manual [2024/12/20 (Fri) 17:07] (現在)
mukaiy [標準作業手順書（SOP）]
行 5: 行 5:
 ====== Pedigree Finderの使い方 ====== ====== Pedigree Finderの使い方 ======
  
-説明動画を作成いたしました。[[https://youtu.be/Dfau1eZL4lQ|こちら]]からご利用ください。+==== 説明動画 ==== 
 +説明動画を作成いたしました。[[https://youtu.be/Dfau1eZL4lQ|こちら]]からご利用ください。\\
  
-===== ユーザー登録手続きについて ===== +==== 標準作業手順書（SOP）==== 
-Pedigree Finderの利用に際して**事前の利用申請の手続きが必要です**。　　\\ +[[https://sop.naro.go.jp/document/detail/113|作物の系譜情報を利活用するためのデータベース(Pedigree Finder)標準作業手順書(サンプル版)]] 
-Pedigree Finderを利用するには、利用を申請して許可される必要があります。　　\\+ 
 +==== 論文 ==== 
 +鐘ケ江弘美・松下景・林武司・川島秀一・後藤明俊・竹﨑あかね ・矢野昌裕・菊井玄一郎・米丸淳一 (2022)\\  
 +系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」. 育種学研究, 24:115-123 
 +[[https://doi.org/10.1270/jsbbr.22J02]] 
 + 
 +==== 参考・関連資料 ==== 
 +プレスリリース[[https://www.naro.go.jp/publicity_report/press/laboratory/rcait/156531.html|ウェブで使える作物家系図の作成ツール「Pedigree Finder」の開発]] 
 + 
 +===== Web版 ユーザー登録手続きについて ===== 
 +Pedigree Finder では**ユーザー登録不要な「ゲストユーザー」**として，__利用規約に同意の上__，イネやイチゴ，アズキなどの一部のデータを試すことができます。　　\\ 
 +しかし、「ゲストユーザー」として利用できる作物の種類やデータ量は限られており、さらに多くのデータや作物にアクセスするためにはユーザー登録が必要となります。　　\\ 
 +Pedigree Finderのユーザー登録には、利用を申請して許可される必要があります。　　\\
 [[https://prd.form.naro.go.jp/form/pub/naro01/pedigree|Pedigree Finder 新規利用申請・所属変更申請]]から登録手続きを行ってください。 [[https://prd.form.naro.go.jp/form/pub/naro01/pedigree|Pedigree Finder 新規利用申請・所属変更申請]]から登録手続きを行ってください。
 +
 +===== 配布版のご利用について =====
 +公設試や民間企業でクローズドデータをデータベースに格納し、Pedigree Finderを自社で管理・運用できるように、**育種データベースをコンテナ化（アプリケーションの実行環境をパッケージ化**）した配布版を開発いたしました。
 +Pedigree Finderの配布版は[[https://www.naro.go.jp/inquiry/program.html|「職務作成プログラム利用に関するお問い合わせ」]]のページから利用申請が可能です。\\
 +配布版はWindows/Mac/Linuxでも利用可能であり、Web版と同じ機能を整備しています。1)手元のパソコン上で動かす、2)サーバー上で動かすという2通りの使い方が出来ます。\\
 +* **配布版をパソコン上で動かす**\\
 +導入コストは低いですが、それぞれのパソコンに個別にデータをアップロードする必要があるため、最新情報の共有が難しいという問題があります。\\ 
 +* **配布版をサーバ上で動かす**\\ 
 +サーバ構築やネットワークの設定費用が必要になりますが、最新情報を共有可能というメリットがあります。\\ 
 +
 + 
 +
  
  
行 17: 行 42:
 === 1.1 ユーザーID（メールアドレス）とパスワード入力 === === 1.1 ユーザーID（メールアドレス）とパスワード入力 ===
 <WRAP left round box 80%> <WRAP left round box 80%>
 +「ゲストユーザー」としてではなく、さらに多くのデータや作物にアクセスするためにはユーザーログインが必要です。\\
 1.登録したユーザーID（Email）とパスワードを入力します。\\ 1.登録したユーザーID（Email）とパスワードを入力します。\\
 2.「ログイン」ボタンを押下します。\\ 2.「ログイン」ボタンを押下します。\\
行 25: 行 51:
 ユーザー認証に成功すると系譜情報画面が表示されます。\\ ユーザー認証に成功すると系譜情報画面が表示されます。\\
 「XXXさんでログイン中」と、登録されている名前が表示されます。\\ 「XXXさんでログイン中」と、登録されている名前が表示されます。\\
 +制限公開データにアクセスできない場合は、「XXXさんでログイン中」と、登録されている名前が表示されることをご確認ください。「ゲストユーザーで利用中」と表示されている場合は、制限公開データをご利用いただけません。\\
  
 ===== 2. 系譜情報 ===== ===== 2. 系譜情報 =====
 作物の系譜情報を確認することができます。まず系譜情報画面に遷移します。メニューバーの「系譜情報」を押下します。 作物の系譜情報を確認することができます。まず系譜情報画面に遷移します。メニューバーの「系譜情報」を押下します。
  
-==== 2.1 系譜情報検索 ====+==== 2.1 系譜情報検索・系譜図の表示 ====
 <WRAP left round box 80%> <WRAP left round box 80%>
 1. 系統名を入力します。（※部分一致で検索を行うので、例えば「いわてっこ」を「いわ」や「いわて」と入力しても問題ありません）\\ 1. 系統名を入力します。（※部分一致で検索を行うので、例えば「いわてっこ」を「いわ」や「いわて」と入力しても問題ありません）\\
 2. 作物種類を選択します。\\ 2. 作物種類を選択します。\\
-3.「系統検索」を押下します。検索結果が表示されるので、任意の系統を選択してください。選択した系統を基準とした系譜情報が取得され、系譜図が表示されます。\\ +3.「系統検索」を押下します。検索結果が表示されるので、任意の系統を選択してください。たとえば、イチゴの「久留米52号」を検索した場合、「久留米52号（さちのか）」として、「久留米52号」の登録品種名「さちのか」も合わせて表示させています。\\ 
-4. たとえば、イチゴの「久留米52号」を検索した場合、「久留米52号（さちのか）」として、「久留米52号」の登録品種名「さちのか」も合わせて表示させています。+4. 選択した系統を基準とした系譜情報が取得され、系譜図が表示されます。\\ 
 +5. 系譜図の品種・系統名にカーソルを合わせると、別名（地方番号・旧系統名・商標など）が表示されます。\\
 </WRAP> </WRAP>
 +{{ :さちのか20221201.png?direct&600 |}}
  
 ==== 2.2  形質・遺伝子情報で色付け・解除 ==== ==== 2.2  形質・遺伝子情報で色付け・解除 ====
-1. データセットと特性項目を選択し、「形質・遺伝子情報で色付け」を押下します。図の例では、「ベンゾビシクロン感受性」を選択しています。\\ +1. 系譜情報画面にて任意の系譜図を表示後、画面中部の「形質・遺伝子情報で色付け」ボタンの上部にあるプラスアイコンをクリックします。\\ 
-{{:Peta.png?600|}}\\+{{:モミロマン20240328.png?800|}}\\
  
-2. 図のようにに表示されます。（色付けを解除したい場合は「色付け解除」を押下します）+2. データセット（②）と特性項目（③）の組み合わせを選択するダイアログが開くので、任意の組み合わせを選択して、追加ボタン（④）をクリックします。\\ 
 +追加ボタンをクリックすると系譜情報画面のデータセット、特性項目の一覧に追加されます。（⑥）\\ 
 +最大4つまで追加できます。（5つ以上の追加、同じ組み合わせの複数回追加はできません）\\ 
 +追加が終わったら、「閉じる」ボタン（⑤）でダイアログを閉じます。\\ 
 +選択したデータセットと特性項目の組み合わせを取り消したい場合は、選択済みの組み合わせが表示されている一覧の削除アイコン（⑦）をクリックします。\\ 
 +「形質・遺伝子情報で色付け」ボタン（⑧）を押すと、選択した形質で系譜図が色付けされます。\\
  
-{{:モミロマン20220328.png?600|}}+{{:形質選択20240328.png?300|}}
  
 +データセットと特性項目の組み合わせを3つ選択した状態の例：\\
 +{{:データセットと特性項目選択20240328.png?400|}}
 +
 +3. 選択した形質が1種類の場合は凡例の位置、系統の外観ともに以下のように従来のスタイルで表示されます。\\
 +{{:モミロマン1形質20240328.png?600|}}
 +
 +4. 選択した形質が2〜4種類の場合は今回追加した複数表示版のスタイルで表示されます。\\
 +{{:モミロマン3形質20240328.png?800|}}
 ==== 2.3  系譜情報取得API ==== ==== 2.3  系譜情報取得API ====
 URLから作物と品種を指定することで、系譜情報を取得することができます。Pedigree Finderに登録されており、且つ自身に閲覧権限がある作物のみ取得可能です。\\ URLから作物と品種を指定することで、系譜情報を取得することができます。Pedigree Finderに登録されており、且つ自身に閲覧権限がある作物のみ取得可能です。\\
行 67: 行 109:
 1. 操作マニュアルの「2.1 系譜情報検索」を参考に、系譜情報表示を行います。\\ 1. 操作マニュアルの「2.1 系譜情報検索」を参考に、系譜情報表示を行います。\\
 2. 表示が終了したら系譜図の下に表示されている「各種リンク」の「系統メタデータ」を押下します。\\ 2. 表示が終了したら系譜図の下に表示されている「各種リンク」の「系統メタデータ」を押下します。\\
 +
 +==== 2.6  ダッシュボード機能 ====
 +Pedigree Finderにダッシュボード機能を整備しており、系譜情報を「形質・遺伝子情報」で色付けするだけでなく、同じ情報を利用し、ヒストグラムおよび円グラフで表示できます。\\
 +  - データセットおよび特性項目を選択する
 +  - 「形質・遺伝子情報」で色付け
 +  - 「作物全体」「表示中の系統のみ」「作物全体と表示中系統の両方」のいずれかを選択
 +  - 表示させるグラフを選択
 +  - 「形質情報グラフ表示」をクリック
 +という手順で、グラフを表示できます。\\
 +例えば、[[https://pedigree.db.naro.go.jp/pedigree/RICE/AKI0000310?dataset=%E8%BF%91%E7%B8%81%E4%BF%82%E6%95%B0&trait=%E3%82%B3%E3%82%B7%E3%83%92%E3%82%AB%E3%83%AA%E8%BF%91%E7%B8%81%E4%BF%82%E6%95%B0|「あきたこまち」の系譜情報を表示させ、「コシヒカリとの近縁係数」の特性項目を選択した場合]]は、以下のように表示できます。\\
 +
 +{{ :dashboard20230309.png?600 |}}
 +
 +作物全体と、表示中の系統を比較し、家系の特徴を調査する際に役立ちます。\\
 +将来的には、2形質を同時にプロットできるようにしたいと考えています。\\
  
 ===== 3.データの追加・更新 ===== ===== 3.データの追加・更新 =====
manual.1669891084.txt.gz · 最終更新: 2022/12/01 (Thu) 19:38 by kanegaeh976

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