近縁係数とは、系譜上の位置に基づいて2つの個体（品種・系統）間の血縁関係の強さを数値化した指標です。近縁係数は0から1までの値をとり、0に近いほど血縁関係が弱く、1に近いほど強いことを意味します。育種計画を設計する際に、近交弱勢を避けるための指標としてご活用いただけます。

入力ファイルは4つの列からなるカンマ区切りのCSVファイルです。列名は次の通りです。
・1列目：LineID　　　品種・系統名を入力します。
・2列目：FemaleParentID　　　種子親の品種・系統名を入力します。不明の場合はNAを入力します。
・3列目：MaleParentID　　　花粉親の品種・系統名を入力します。不明の場合はNAを入力します。
・4列目：Generation　　　品種・系統の世代数を入力します。例えば、F1であればF1、F2であればF2と入力します。世代数は下付き文字にはせず半角で入力してください。世代数が不明の場合はNAを入力します。世代数は不明だが、自殖で維持している品種・系統であることを明示する場合は I を入力します。

図1:入力ファイルの例 (テストデータをダウンロードしたい場合はこちらをクリックしてください。)

1) Pedigree Finderの画面上部にある「近縁係数」タブをクリックします。

図2:Pedigree Finderの画面と近縁係数計算のタブ

2) 「近縁係数計算」のページへと遷移します。ページ下部に、系譜データをアップロードして近縁係数計算を行う入力フォームがあります。

図3:近縁係数計算のページ

3) 「ファイルを選択」を押下し、近縁係数計算プログラムに入力する系譜ファイルを選択します。系譜データはカンマ区切り、文字コードはUTF-8のCSVファイルとしてご用意ください。入力ファイル形式の詳細につきましては「２．入力ファイル形式の説明 」も合わせてご覧ください（図４の①）。

4) 「プログラムの種類」を押下し、自殖用か他殖用かお選びください。イネ等の自殖性作物は自殖用を、果樹等の他殖性作物は他殖用をご選択ください（図４の②）。

図4:近縁係数計算の操作画面

5) 「計算実行」を押下すると計算が始まります（図４の③）。計算が終了すると以下のような画面に遷移します（図５）。

図5:近縁係数の計算実行後の画面

6) 「結果ファイルダウンロード」を押下するとzip形式でデータがダウンロードされます。ダウンロードされるファイル名はKinshipResult.zipです。

7) KinshipResult.zipには以下のファイルが含まれます。文字コードがUTF-8のため、日本語は文字化けすることがありますのでご注意ください。
・Kinship.csv: 品種・系統間の近縁係数の一覧データ。
・F_values.csv: 各品種・系統の近交係数のデータ。他殖用を選択した場合のみ出力します。

Kinship.csvは、2つの品種・系統間で近縁係数 (coefficient of parentage)を表示します。品種名はline1列とline2列に、近縁係数の値はcoefficient of parentage列に表示されます。

図6:Kinship.csvの出力例

F_values.csvは、品種・系統ごとの近交係数（F value）を表示します。品種名はline列に、近交係数はF_value列に表示されます。


図7:F_values.csvの出力例

よくある質問1「系譜の創始者¹⁾で花粉親・種子親がわからない場合はどうしたらいいですか？」
LineIDに創始者の品種・系統名を記入し、FemaleParentID、MaleParentIDにNAを入力してください。世代数についてはNAの入力を基本とします。NAを入力した場合、自殖用プログラムと他殖用プログラムでは異なる設定で計算を行います。また、系譜の創始者が自殖で維持されている場合はIと記入するなど、実情に合わせてお使いください。

よくある質問2「自殖性作物の世代数はどのように入力しますか？」
自殖性作物の世代数は、系統の交雑後の世代数がわかっている場合はF1、F4などと記入し、不明の場合は基本的にIを記入してください。

よくある質問3「戻し交配の場合はどうすればいいですか？」
戻し交配の場合、中間世代を明示的に入力ファイルに記入してください。例えば、BC2F4の場合、図８のようになります。

図8:BC2F4のケースの例