====== 近縁係数計算プログラムのご利用について ====== * 近縁係数計算プログラムのご利用に際しては、**ウェブ上で利用規約の内容をご確認願います**。 * 近縁係数計算プログラムのご利用をもって、**本利用規約の内容を承諾いただいたものとみなします**。\\ [[https://youtu.be/4vsloKTlfko|{{:YouTubeCoefTop.png?400|}}]]\\ **近縁係数計算プログラムの使い方動画をご覧になるには、上の画像をクリックしてください** ===== 利用規約 ===== 近縁係数計算プログラム利用にあたっては下記を順守願います。 - 近縁係数計算プログラムの著作権は、[[https://www.naro.go.jp/collab/program/program_list/index.html|農研機構]]に帰属しています。(農研機構登録番号：機構－ZC7) - 農研機構は、農業分野や他の分野における研究を目的とする者に近縁係数計算プログラムの利用を許可します。 - 近縁係数計算プログラムの解析結果を利用する際には、「Pedigree Finder」を利用した旨を明記してください。 （出典記載例） 出典：Pedigree Finder（https://pedigree.db.naro.go.jp/coeffinbreeding） 「Pedigree Finder」近縁係数計算プログラム（農研機構農業情報研究センター）（○年○月○日に利用） ===== 免責事項 ===== - 本サイトの利用は、利用者の責任において行われるものといたします。 - 正確性の確保に努めておりますが、その完全さに関してはいかなる保証をするものではありません。 - 農研機構は、近縁係数計算プログラムの利用によって生じたあらゆる損害について、一切責任を負いかねます。 \\ \\ ====== 近縁係数計算プログラムの利用方法 ====== ===== 1．近縁係数とは ===== 近縁係数とは、系譜上の位置に基づいて2つの個体（品種・系統）間の血縁関係の強さを数値化した指標です。近縁係数は0から1までの値をとり、0に近いほど血縁関係が弱く、1に近いほど強いことを意味します。育種計画を設計する際に、近交弱勢を避けるための指標としてご活用いただけます。\\ \\ ===== 2．入力ファイル形式の説明 ====== 入力ファイルは4つの列からなるカンマ区切りのCSVファイルです。列名は次の通りです。\\ ・1列目：LineID　　　品種・系統名を入力します。\\ ・2列目：FemaleParentID　　　種子親の品種・系統名を入力します。不明の場合はNAを入力します。\\ ・3列目：MaleParentID　　　花粉親の品種・系統名を入力します。不明の場合はNAを入力します。\\ ・4列目：Generation　　　品種・系統の世代数を入力します。例えば、F1であればF1、F2であればF2と入力します。世代数は下付き文字にはせず半角で入力してください。世代数が不明の場合はNAを入力します。世代数は不明だが、自殖で維持している品種・系統であることを明示する場合は ''I'' を入力します。\\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_1.png?400|}}\\ 図1:入力ファイルの例 (テストデータをダウンロードしたい場合は{{ :pedigree_test.csv |こちら}}をクリックしてください。)\\ \\ ===== 3．操作手順 ===== 1) Pedigree Finderの画面上部にある「近縁係数」タブをクリックします。\\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_2.png?600|}}\\ 図2:Pedigree Finderの画面と近縁係数計算のタブ\\ \\ 2) 「近縁係数計算」のページへと遷移します。ページ下部に、系譜データをアップロードして近縁係数計算を行う入力フォームがあります。\\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_3.png?700|}}\\ 図3:近縁係数計算のページ\\ \\ 3) 「ファイルを選択」を押下し、近縁係数計算プログラムに入力する系譜ファイルを選択します。系譜データはカンマ区切り、文字コードはUTF-8のCSVファイルとしてご用意ください。入力ファイル形式の詳細につきましては「[[coeffinbreeding#2．入力ファイル形式の説明|２．入力ファイル形式の説明]] 」も合わせてご覧ください（図４の①）。\\ \\ 4) 「プログラムの種類」を押下し、自殖用か他殖用かお選びください。イネ等の自殖性作物は自殖用を、果樹等の他殖性作物は他殖用をご選択ください（図４の②）。\\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_4.png?400|}}\\ 図4:近縁係数計算の操作画面\\ \\ 5) 「計算実行」を押下すると計算が始まります（図４の③）。計算が終了すると以下のような画面に遷移します（図５）。\\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_5.png?600|}}\\ 図5:近縁係数の計算実行後の画面\\ \\ 6) 「結果ファイルダウンロード」を押下するとzip形式でデータがダウンロードされます。ダウンロードされるファイル名はKinshipResult.zipです。\\ \\ 7) KinshipResult.zipには以下のファイルが含まれます。文字コードがUTF-8のため、日本語は文字化けすることがありますのでご注意ください。\\ ・Kinship.csv: 品種・系統間の近縁係数の一覧データ。\\ ・F_values.csv: 各品種・系統の近交係数のデータ。__他殖用を選択した場合のみ__出力します。\\ \\ Kinship.csvは、2つの品種・系統間で近縁係数 (coefficient of parentage)を表示します。品種名はline1列とline2列に、近縁係数の値はcoefficient of parentage列に表示されます。\\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_6.png?400|}}\\ 図6:Kinship.csvの出力例\\ \\ F_values.csvは、品種・系統ごとの近交係数（//F// value）を表示します。品種名はline列に、近交係数はF_value列に表示されます。\\ \\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_7.png?200|}}\\ 図7:F_values.csvの出力例\\ \\ ===== 4．よくある質問 ===== **よくある質問1「「近縁係数計算が失敗しました。」というメッセージが出てしまいます。」**\\ アップロードするファイルの形式をご確認ください。日本語の場合は文字コードを**UTF-8**に設定する必要があります。Excelでcsvファイルを保存する際には、「csv UTF-8」を選択して保存してください。\\ \\ **よくある質問2「結果ファイルのKinshipResult.zipを解凍しファイルを開いたところ、文字化けしています。」**\\ 文字コードの問題が考えられます。**EXCELで文字コードを指定してCSVファイルを開いてください**。新規にExcelを開き、「データ」タブから「テキストまたはcsv」をクリックします。左上の文字コードが書かれているところをクリックし、UTF-8を選択してください。\\ \\ **よくある質問3「系譜の創始者((系譜の創始者とは、系譜データにおいて最も祖先に位置し、それ以前の親情報を持たない品種・系統を指します。))で花粉親・種子親がわからない場合はどうしたらいいですか？」**\\ LineIDに創始者の品種・系統名を記入し、FemaleParentID、MaleParentIDにNAを入力してください。世代数についてはNAの入力を基本とします。NAを入力した場合、自殖用プログラムと他殖用プログラムでは異なる設定で計算を行います。また、系譜の創始者が自殖で維持されている場合は''I''と記入するなど、実情に合わせてお使いください。\\ \\ **よくある質問4「自殖性作物の世代数はどのように入力しますか？」**\\ 自殖性作物の世代数は、系統を交雑して品種・系統化されるまでの世代数がわかっている場合は、F1、F4などと記入し、不明の場合は基本的にIを記入してください。\\ \\ **よくある質問5「戻し交配の場合はどうすればいいですか？」**\\ 戻し交配の場合、中間世代を明示的に入力ファイルに記入してください。例えば、BC2F4の場合、図８のようになります。\\ {{:近縁係数計算プログラムの利用方法_8_1v2.png.jpg?640|}}\\ 図8:BC2F4のケースの例\\ \\ ---- //**__ お問い合わせ __ **// [[https://prd.form.naro.go.jp/form/pub/naro01/pedigree_contact|Pedigree Finder お問い合わせフォーム]] \\ \\ [[https://www.naro.go.jp/laboratory/nics/index.html|農業・食品産業技術総合研究機構 作物研究部門]] \\ \\